前の給与の支払者が支払った給与の金額等が分からない時の年末調整は出来ません。
従って、従業員に対し雇用後会社が支払った給与についてのみ「給与所得の源泉徴収票」を作成しこれを従業員に交付し、その年分の所得税について確定申告するように指導しなくてはなりません。