役員や使用人が海外の支店などに転勤した場合には、一般的には所得税法でいう非居住者になります。

まず、海外に転勤する日までに、転勤する人の年末調整をしなければなりません。年末調整の対象となる給与は、海外に転勤する日までに支払の確定した給与です。
なお、社会保険料や生命保険料などの控除は、海外に転勤する日までに支払われたものだけに限られます。
しかし、扶養控除や配偶者控除などは出国の時に控除の対象となる者の控除額を控除できます。控除対象となるかどうかは、出国の時の現況、及び出国の時の現況により見積もったその年の1月1日から12月31日までの当該親族等の合計所得金額により判定します。

次に、非居住者になった役員や使用人に給与を支払う場合ですが、役員と使用人では、その取扱いが違います。
内国法人の役員としての海外勤務に対する給与には、日本の所得税がかかり、20％の税率で源泉徴収が必要です。
ただし、その役員が、支店長など使用人としての立場で常時海外で勤務している場合には、源泉徴収の必要はありません。
非居住者となった使用人の海外勤務に対する給与には、日本の所得税はかかりません。
しかし、海外で勤務している使用人や使用人として常時海外で勤務している役員でも源泉徴収が必要となる場合があります。
それは、海外に転勤後に支払われるボーナスなどの計算期間内に、日本で勤務した期間が含まれている場合です。
この場合には、日本での勤務期間に対応する金額に対して20％の税率で源泉徴収が必要です。

なお、給与等の計算期間が1か月以下であれば、給与等の計算期間のうちに日本での勤務期間が含まれていても源泉徴収をしなくてもよいことになっています（給与等の全額が日本での勤務に対応する場合には、20％の税率で源泉徴収をします。）。

ただし、役員の給与に対する課税の取扱いについては、いくつかの国と租税条約を結んでいますので、国内法に優先して適用されるこれらの租税条約の内容を確認することが必要です。