非課税とされる通勤手当はその給与所得者の通勤に係る運賃、時間、距離等の事情に照らしもっとも経済的、かつ合理的と認められる運賃の額とされていますが、新幹線による通勤の方法もこの経済的かつ合理的な方法に該当するものとされます。

しかしながら、通勤手当としての所得税法上の非課税限度額は10万円までですので、超える分の２万円については源泉徴収の対象とされます。

なお、課税仕入対象金額は１２万円です。